Cerkiew zbudowana została pod koniec XVIII w., w wyniku późniejszych przekształceń zatraciła swoją pierwotną bryłę. Po II wojnie światowej użytkowana była jako kościół rzymskokatolicki. Obecnie należy do parafii prawosławnej, odbywają się w niej również nabożeństwa rzymskokatolickie.

Ściany świątyni pobite są gontem, zaś dachy i wieńczące je hełmy z pozornymi latarniami pokryte są blachą. Nakryte płaskimi stropami wnętrze zdobi polichromia architektoniczna i ornamentalna z 1924 r. Do najciekawszych elementów wyposażenia należy późnobarokowy ikonostas z XVIII w. oraz umieszczony w prezbiterium rokokowy ołtarz z ikoną Ukrzyżowanie z końca XVIII w.

Do cerkwi wchodzi się przez bramkę z dzwonnicą wkomponowaną w kamienny mur. Corocznie w lipcu w Zdyni odbywa się wielkie święto kultury łemkowskiej „Łemkowska Watra”.